Task manager là mục tiêu chung của virus máy tính và các dạng khác của phần mềm phá hoại; thông thường các phần mềm độc hại sẽ đóng Task manager ngay lúc bắt đầu như vậy phần mềm độc hại sẽ ẩn mình trước người dùng. Như trường hợp của Zotob và Spybot worms đã sử dụng chính thủ thuật này.[3]

Một hướng khác, các phần mềm độc hại lợi dụng tính năng khóa Task manager bằng Group Policy bằng các thay đổi trong registry cũng ngăn không cho người dùng phát hiện và tiêu diệt chúng.